其病因尚不清楚。在非细菌性前列腺炎的前列腺分泌物中有异常数量的炎症细胞，但细菌培养或其它方法均不能发现致病菌。曾试图证实某些非常见的病原体（如专性厌氧菌、支原体、衣原体，或其它原虫、病毒等）是非细菌性前列腺炎的病因，但未获成功。诸多猜测认为支原体与非细菌性前列腺炎有关，但无充分的证据经细菌学和血清学试验表明它们之间也无明显的因果关系。某些研究人员认为非细菌性前列腺炎是一种免疫性疾病，仅在排除其它特异性前列腺炎后才能确定非细菌性前列腺炎的诊断。
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