早期生殖器溃疡与肛门病损害应与软下疳及梅毒的硬下疳和扁平湿疣鉴别：慢性溃疡或瘢痕性病变应与性病性淋巴肉芽肿鉴别。
腹股沟肉芽肿的鉴别病种腹股沟肉芽肿性病性淋巴肉芽肿软下疳病原体肉芽肿荚膜杆菌衣原体血清型L1-L3杜克雷嗜血杆菌潜伏期多在30天平均7天2-5天初疹结节-溃疡丘疹，丘疱疹-溃疡多发性表浅性溃疡疼痛--严重溃疡基底牛肉红色污秽-轻、污秽溃疡边缘卷曲高起呈乳头瘤样-不齐，不陷腹股沟腹股沟肉芽肿急性淋巴结炎急性淋巴结炎淋巴结假性淋巴结炎瘘管，瘢痕破溃后呈鱼口状，疼痛
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