常见的并发症有:
1.形成溃疡
2.感染
3.严重者可导致死亡
口蹄疫的并发症常是在患部组织上出现细菌性的化脓-坏死过程。有时表现为多层状的化脓性皮炎或部分角质壳的剥离，腱鞘炎，乳腺炎和胃肠炎等。病期延长者可出现心脏病、内分泌病(胰腺、肾上腺等疾患)和不育症。一般这类动物最终由于生产能力低下而被淘汰。
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