可以引起播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。在艾滋病流行的地区，该病还可增加艾滋病病毒感染的危险性。
部分生殖器疱疹病毒HSV1可能经周围神经沿神经轴转入三叉神经节，HSV2则转入骶神经节长期潜伏于神经细胞内。如机体受到创伤、高热、过敏、月经等原因引起感染和复发时，会并发腰髓部神经炎、脊髓炎，出现臀部及下肢放射性疼痛、膀胱麻痹等症。另外，生殖器疱疹常与其他性传播疾病如淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疣、阴道念珠菌病、滴虫等混合感染，故在诊治中应该加以重视。
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