常合并夏科氏关节病(关节磨损、萎缩和畸形, 关节肿大, 活动度增加, 运动时有摩擦音而无痛觉)、脊柱侧弯、弓形足、颅底凹陷、脑积水等。
本病的后期，空洞常累及三叉神经脊束核出现面部洋葱皮样痛温觉缺失，自外侧向鼻唇部发展;累及疑核引起吞咽困难饮水呛咳;累及舌下神经核伸类肌及肌束颤动;累及面神经核出现周围性面瘫;前庭小脑通路受累出现眩晕、眼震和步态稳。脊髓空洞症常合并其他先天性畸形，如脊柱侧弯或后突畸形、隐性脊柱裂、颈枕区畸形、小脑扁桃体下疝和弓形足等。
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