肺炎支原体可以感染肺外组织，因此在发生肺炎期间可以出现其他的肺外症状，如皮肤损害、神经系统损害、心血管系统损害、消化系统损害、胸膜病变等。极少数病例可伴发中枢神经症状，例如脑膜炎、脑膜脑炎、多发生神经根炎，甚至精神失常等。出血性耳鼓膜炎、胃肠炎、关节炎、血小板减少性紫癜、溶血性贫血、心包炎、心肌炎、肝炎也有发现。 泌尿支原体感染常见的合并症为输卵管炎，少数患者可出现子宫内膜炎及盆腔炎。
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